Das Bürgerliche Waisenhaus ist heute ein nach modernen sozialpädagogischen Grundsätzen geleitetes Kinder- und Jugendheim.
Auf dem historischen Waisenhaus-Areal, dem Gemäuer des ehemaligen Kartäuserkloster und umgeben von schützenden Mauern, befinden sich zwei Wohnhäuser mit je zwei Wohngruppen. Auch im Kleinbasel, aber ausserhalb des historischen Waisenhaus-Areals, sind die sogenannte Aussenwohngruppen und Wohnexternate situiert.

Im Bürgerlichen Waisenhaus Basel (im Volksmund "Kischtli" genannt) leben zurzeit 61 Kinder im Alter von acht bis zwanzig Jahren. Sie werden von insgesamt vierzig Sozialpädagogen geleitet, darunter auch solche in Ausbildung und Vorpraktikanten.
Die Kinder und Jugendlichen sind in Wohngruppen aufgeteilt; eine Gruppe von acht Kindern wird jeweils von fünf Pädagogen betreut. Es gibt vier Arten von Gruppen, die sich je nach Alter und Disposition der Jungen und Mädchen, in der Öffnung nach Aussen und der Intensität der Betreuung unterscheiden: Auf dem Waisenhaus-Areal befinden sich die Kinder- und Jugendgruppen, deren Mitglieder rund um die Uhr betreut werden. Ausserhalb des Geländes ist die Aussenwohngruppe und das Wohnexternat, indem ältere und selbständigere Jugendliche mit 10 Stunden pädagogischer Betreuung pro Woche auskommen - die zuständigen Sozialpädagogen haben hier nur noch eine beratende Funktion.

Im Durchschnitt sind die Kinder 2 bis 3 Jahre im Heim. Nach der Einweisung findet halbjährlich eine Standortbestimmung statt, an der Eltern, Zuweisende, Kind, pädagogische Leitung des Waisenhauses und die Bezugsperson der Gruppe (zuständiger Sozialpädagoge) teilnehmen.